Успешность генотипирования микроорганизмов зависит от разрешающей способности метода, которая в свою очередь зависит от выбора наиболее информативного участка генома, используемых ферментов и праймеров, а также условий рестрикции генома и ПЦР амплификации. Методы анализа быстро эволюционирующих маркеров, для методов MST, MLVA, DGE, HRM, обычно, обладают большей дифференцирующей способностью, чем те, которые опираются на слабо эволюционирующие маркеры (метод MLST). Степень разрешения выше у методов типирования, зависящих от предварительной информации о ДНК матрице (PFGE, AFLP, RFLP, ДНК микрочипы), по сравнению с методами, в которых аналитические мишени ограничиваются определенными локусами (риботипирование, RFLP-PCR). Мониторинг локальных вспышек эпидемий может осуществляться при использовании быстро эволюционирующих маркеров такими методами, как RAPD-PCR, MST, или MLVA, DGE, HRM. Для длительных эпидемиологических наблюдений или популяционных исследований более пригодны маркеры консервативных участков и стабильно воспроизводимые методы (MLST, PFGE, риботипирование), а также секвенированиие полноразмерного генома. Для генотипирования микроорганизмов из полимикробных образцов целесообразно использование методов, специфичных к искомой матрице (PCR-RFLP, MLVA, DGE, HRM, MLST, MST, ДНК микрочипы). При установлении вида для полимикробных образцов оптимальным решением является изучение метагенома: совокупности генома определенного экологического сообщества бактерий. В этом случае предпочтительным является анализ высоко консервативных последовательностей ДНК, подобно гену 16S рРНК. Успехи генотипирования бактериальных штаммов позволяют исследовать взаимосвязь между генотипом и фенотипом путем филогенетического анализа генетических дистанций между штаммами в нескольких поколениях, что важно для характеристик, значимых с точки зрения эпидемиологии (вирулентностью, устойчивостью к антибиотикам и другими). Разработаны компьютизированные методы соотнесения фенотипических профилей с отсеквенированными последовательностями генома. Полногеномное секвенирование является оптимальной методикой типирования штаммов, однако высокая стоимость и необходимость использования достаточно большого количества очищенной ДНК матрицы пока ограничивает его применение.